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2019年12月29日 (日)

RDFナレッジ・グラフ / 備忘録 19c

5年ぐらい前に触ったことがある程度で、すっかり忘れてしまった。しばらくぶりで思い出してパタパタしてみたら、Apache Jenaも含めていろいろ変わっていたので備忘録

RDFナレッジ・グラフ開発者ガイド RDFナレッジ・グラフの概要

R2RML: RDB to RDF Mapping Language

A Direct Mapping of Relational Data to RDF

いろいろ思い出しながら....

$ sqlplus sys@orclcdb as sysdba

SQL*Plus: Release 19.0.0.0.0 - Production on Sat Dec 28 00:51:52 2019
Version 19.3.0.0.0

Copyright (c) 1982, 2019, Oracle.  All rights reserved.

Enter password: 

Connected to:
Oracle Database 19c Enterprise Edition Release 19.0.0.0.0 - Production
Version 19.3.0.0.0

SQL> col namespace for a30
SQL> col value for a40
SQL> col description for a50
SQL> set linesize 400
SQL> set tab off
SYS@orclcdb> select * from MDSYS.RDF_PARAMETER;

NAMESPACE           ATTRIBUTE         VALUE         DESCRIPTION
------------------- ----------------- ------------- --------------------------------------------------
COMPONENT           RDFCTX            INSTALLED     Semantic (Text) Search component
COMPONENT           RDFOLS            INSTALLED     RDF Optional component for OLS support
MDSYS               SEM_VERSION       19.1.0.0.0    VALID

SYS@orclcdb> r
  1  SELECT namespace, attribute, value FROM mdsys.rdf_parameter
  2    WHERE namespace='MDSYS'
  3    AND attribute IN ('FLOAT_DOUBLE_DECIMAL',
  4                      'XSD_TIME', 'XSD_BOOLEAN',
  5*                     'DATA_CONVERSION_CHECK')

no rows selected

SYS@orclcdb> conn system@orcl
Enter password: 
Connected.
SYSTEM@orcl> create tablespace rdf_users datafile 'rds_users01.dbf' size 128m reuse autoextend on next 64m maxsize unlimited segment space management auto;

Tablespace created.

SYSTEM@orcl> create user rdfuser identified by hogehoge default tablespace rdf_users temporary tablespace temp;

User created.

SYSTEM@orcl> grant create view to rdfuser;

Grant succeeded.

SYSTEM@orcl> grant unlimited tablespace to rdfuser;

Grant succeeded.

SYSTEM@orcl> grant unlimited tablespace to mdsys;

Grant succeeded.

SYSTEM@orcl> grant select any dictionary to rdfuser;

Grant succeeded.

SYSTEM@orcl> grant connect, resource to rdfuser;

Grant succeeded.

SYSTEM@orcl> execute sem_apis.create_sem_network('RDF_USERS', network_owner=>'RDFUSER', network_name=>'LOCALNET');

PL/SQL procedure successfully completed.


SYSTEM@orcl> conn rdfuser@orcl
Enter password: 
Connected.
RDFUSER@orcl> 

RDFUSER@orcl> l
  1  create table r2rmlview_nt_staging_tab (
  2  	rdf$stc_sub varchar2(4000) not null
  3  	,rdf$stc_pred varchar2(4000) not null
  4  	,rdf$stc_obj varchar2(4000) not null
  5  )
  6* nologging
RDFUSER@orcl> /

Table created.

RDFUSER@orcl> l
  1  create table rdfview_export_tab (
  2          rdf$stc_sub varchar2(4000) not null
  3          ,rdf$stc_pred varchar2(4000) not null
  4          ,rdf$stc_obj varchar2(4000) not null
  5  )
  6* nologging
RDFUSER@orcl> /

Table created.

RDFでいろいろやるには sga_targetやsga_max_sizeはそれなりに必要なので適当に調整

そして、Apache Jenaのrdfcatもdeprecatedになってて、これまたしばし時代に追いつく作業を....

RDFUSER@orcl> !rdfcat --help
------------------------------------------------------------------
   DEPRECATED: Please use 'riot' instead.
     http://jena.apache.org/documentation/io/#command-line-tools
------------------------------------------------------------------

------------------------------------
DEPRECATED: Please use riot instead.
------------------------------------

Usage: java jena.rdfcat (option|input)*
Concatenates the contents of zero or more input RDF documents.
Options: -out N3 | N-TRIPLE | RDF/XML | RDF/XML-ABBREV
         -n  expect subsequent inputs in N3 syntax
         -x  expect subsequent inputs in RDF/XML syntax
         -t  expect subsequent inputs in N-TRIPLE syntax
         -[no]include  include rdfs:seeAlso and owl:imports
input can be filename, URL, or - for stdin
Recognised aliases for -n are: -n3 -ttl or -N3
Recognised aliases for -x are: -xml -rdf or -rdfxml
Recognised aliases for -t are: -ntriple
Output format aliases: x, xml or rdf for RDF/XML, n, n3 or ttl for N3, t or ntriple for N-TRIPLE
See the Javadoc for jena.rdfcat for additional details.

rdfcatに変えて、riot ってやつをつかわなきゃいけなくなったっぽい。

RDFUSER@orcl> !riot -version
Jena:       VERSION: 3.13.1
Jena:       BUILD_DATE: 2019-10-06T18:57:39+0000
RIOT:       VERSION: 3.13.1
RIOT:       BUILD_DATE: 2019-10-06T18:57:39+0000

ちなみに、SHユーザのEMPLOYEES表や索引をRDFUSERユーザへコピーした上で、以下のような、RDFVIEWとRelational表と列のマッピングをTurtle (Terse RDF Triple Language)で定義した。

RDFUSER@orcl> !cat test_real_rdf_r2rml.ttl
@prefix rr: .
@prefix xsd: .
@prefix ex: .

ex:TriplesMap_Employees
        rr:logicalTable [ rr:tableName "EMPLOYEES" ];
        rr:subjectMap [ 
                rr:template "http://r2rml.com/employees/{EMPLOYEE_ID}";
                rr:class ex:Employees;
        ];

        rr:predicateObjectMap [
                rr:predicate ex:FirstName;
                rr:objectMap [ rr:column "FIRST_NAME" ];
        ];

        rr:predicateObjectMap [
                rr:predicate ex:LastName;
                rr:objectMap [ rr:column "LAST_NAME" ];
        ];

        rr:predicateObjectMap [
                rr:predicate ex:ManagerId;
                rr:objectMap [ rr:column "MANAGER_ID" ];
        ].

5年ぐらい前の記憶ではrdfcatを利用して変換していたが、今は、 riot というコマンドを利用してTurtle(Terse RDF Triple Language)をN-Triplesへ変換するみたいね。

RDFUSER@orcl> !riot --out=N-TRIPLE test_real_rdf_r2rml.ttl > test_real_rdf_r2rml_use_riot.nt

RDFUSER@orcl> !cat test_real_rdf_r2rml_use_riot.nt
_:Bf70c7f0d1b418dc63ad89dbcea313cd1  "EMPLOYEES" .
  _:Bf70c7f0d1b418dc63ad89dbcea313cd1 .
_:Bdd4cf5eb9ecb0b12212d342518513827  "http://r2rml.com/employees/{EMPLOYEE_ID}" .
_:Bdd4cf5eb9ecb0b12212d342518513827   .
  _:Bdd4cf5eb9ecb0b12212d342518513827 .
_:B310abfde7d61aac8f303fbd1f4ba5db8   .
_:Bfe48b8372e4da59d0ce99e0e24b894ad  "FIRST_NAME" .
_:B310abfde7d61aac8f303fbd1f4ba5db8  _:Bfe48b8372e4da59d0ce99e0e24b894ad .
  _:B310abfde7d61aac8f303fbd1f4ba5db8 .
_:B11c76919901c01b44cb0e2507a997c28   .
_:B5474fc7a1b7c7302521175dac3c58028  "LAST_NAME" .
_:B11c76919901c01b44cb0e2507a997c28  _:B5474fc7a1b7c7302521175dac3c58028 .
  _:B11c76919901c01b44cb0e2507a997c28 .
_:Be7008cecff6b130ea15b4ba060cee0fb   .
_:B0f41936e13c4655082ee47f866dc9f61  "MANAGER_ID" .
_:Be7008cecff6b130ea15b4ba060cee0fb  _:B0f41936e13c4655082ee47f866dc9f61 .
  _:Be7008cecff6b130ea15b4ba060cee0fb .


SQL*Loaderを使用したステージング表へのN-Triple形式のデータのロードを参考

RDFUSER@orcl> !cat test_real_rdf_r2rml_nt_load.ctl
UNRECOVERABLE
LOAD DATA 
TRUNCATE
into table r2rmlview_nt_staging_tab
when (1) <> '#'
(
 RDF$STC_sub   CHAR(4000) terminated by whitespace
 "(
CASE 
 WHEN substr(:RDF$STC_sub,1,1)='<' AND substr(:RDF$STC_sub,-1,1)='>' AND
      length(:RDF$STC_sub)>2
      THEN :RDF$STC_sub
 WHEN substr(:RDF$STC_sub,1,2)='_:' AND
      REGEXP_LIKE(:RDF$STC_sub,'^(_:)[[:alpha:]][[:alnum:]]*$')
      THEN :RDF$STC_sub
 WHEN substr(:RDF$STC_sub,1,1) NOT IN ('\"','<','#') AND
      substr(:RDF$STC_sub,-1,1) NOT IN ('\"','>')
      THEN ('<' || SDO_RDF.replace_rdf_prefix(:RDF$STC_sub) || '>')
 WHEN substr(:RDF$STC_sub,1,1)='#'
      THEN SDO_RDF.raise_parse_error(
            'Ignored Comment Line starting with ', :RDF$STC_sub)
 ELSE SDO_RDF.raise_parse_error('Invalid Subject', :RDF$STC_sub)
END
 )",
 RDF$STC_pred  CHAR(4000) terminated by whitespace
 "(
CASE 
 WHEN substr(:RDF$STC_pred,1,1)='<' AND substr(:RDF$STC_pred,-1,1)='>' AND
      length(:RDF$STC_pred)>2
      THEN :RDF$STC_pred
 WHEN substr(:RDF$STC_pred,1,2) != '_:' AND
      substr(:RDF$STC_pred,1,1) NOT IN ('\"','<') AND
      substr(:RDF$STC_pred,-1,1) NOT IN ('\"','>')
      THEN ('<' || SDO_RDF.replace_rdf_prefix(:RDF$STC_pred) || '>')
 ELSE SDO_RDF.raise_parse_error('Invalid Predicate', :RDF$STC_pred)
END
 )",
--
-- right-trimming of WHITESPACEs is reqd for "RDF$STC_obj" 
-- (due to absence of "TERMINATED BY WHITESPACE")
--
-- For ease of editing below replace 
--   "rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13))" with ":xy".
-- and then replace back
--
 RDF$STC_obj   CHAR(4000)
 "(
CASE
 WHEN substr(rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)),1,1)='<' AND 
      substr(rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)),-1,1)='>' AND
      length(rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)))>2
      THEN rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13))
 WHEN substr(rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)),1,1)='\"' AND
      substr(rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)),-1,1)='\"' AND
      length(rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)))>1
      THEN rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13))
 WHEN substr(rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)),1,2)='_:' AND
      REGEXP_LIKE(rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)),
                  '^(_:)[[:alpha:]][[:alnum:]]*$')
      THEN rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13))
 WHEN substr(rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)),1,1) 
        NOT IN ('\"','<') AND
      substr(rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)),-1,1) 
        NOT IN ('\"','>')
      THEN ('<' || 
            SDO_RDF.replace_rdf_prefix(
             rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13))) || 
            '>')
 WHEN substr(rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)),1,1)='\"' AND
      substr(rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)),-1,1) 
        NOT IN ('\"','>') AND
      instr(rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)),'\"\@',-1)>1 AND
      REGEXP_LIKE(rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)),
                  '^\"[[:print:]]*\"\@[[:alpha:]]+(-[[:alnum:]]+)*$')
      THEN rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13))
 WHEN (substr(rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)),1,1)='\"' AND 
       instr(rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)),'\"^^',-1)>1 AND
       (length(rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)))-
        (instr(rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)),'\"^^',-1)+4)
       )>0)
       THEN SDO_RDF.pov_typed_literal(
             rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)))
 ELSE SDO_RDF.raise_parse_error(
       'Invalid Object', rtrim(:RDF$STC_obj,'. '||CHR(9)||CHR(10)||CHR(13)))
END
 )"
)

RDFUSER@orcl> exit


$ sqlldr userid=rdfuser@orcl control=test_real_rdf_r2rml_nt_load.ctl data=test_real_rdf_r2rml_use_riot.nt direct=true skip=0 load=1000000 discardmax=0 bad=test_real_rdf_r2rml_nt_load.bad discard=test_real_rdf_r2rml_nt_load.rej log=test_real_rdf_r2rml_nt_load.log errors=1000000
Password:

SQL*Loader: Release 19.0.0.0.0 - Production on Sat Dec 28 02:05:44 2019
Version 19.3.0.0.0

Copyright (c) 1982, 2019, Oracle and/or its affiliates.  All rights reserved.

Path used:      Direct, LOAD=1000000

Load completed - logical record count 17.

Table R2RMLVIEW_NT_STAGING_TAB:
  17 Rows successfully loaded.

Check the log file:
  test_real_rdf_r2rml_nt_load.log
for more information about the load.

そして、SEM_MATCH()関数を利用してモデルと問い合わせると....

RDFUSER@orcl> @test_real_rdf_cre_rdfview.sql

PL/SQL procedure successfully completed.

RDFUSER@orcl> l
  1  SELECT
  2  	s
  3  	, p
  4  	, o
  5  FROM
  6  	TABLE (
  7  		SEM_MATCH (
  8  			'{?s ?p ?o}'
  9  			, SEM_MODELS('TEST_MODEL1')
 10  			, null
 11  			, null
 12  			, null
 13  			, null
 14  			, ' '
 15  			, null
 16  			, null
 17  			, 'RDFUSER'
 18  			, 'LOCALNET'
 19  		)
 20  	)
 21  ORDER BY
 22  	s
 23  	,p
 24*
RDFUSER@orcl> 
RDFUSER@orcl> @test_query_rdfview.sql

S                                        P                                                  O
---------------------------------------- -------------------------------------------------- ----------------------------------------
http://r2rml.com/employees/100           http://r2rml.com/ns#FirstName                      Steven
http://r2rml.com/employees/100           http://r2rml.com/ns#LastName                       King
http://r2rml.com/employees/100           http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#type    http://r2rml.com/ns#Employees
http://r2rml.com/employees/101           http://r2rml.com/ns#FirstName                      Neena
http://r2rml.com/employees/101           http://r2rml.com/ns#LastName                       Kochhar
http://r2rml.com/employees/101           http://r2rml.com/ns#ManagerId                      100
http://r2rml.com/employees/101           http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#type    http://r2rml.com/ns#Employees
http://r2rml.com/employees/102           http://r2rml.com/ns#FirstName                      Lex
http://r2rml.com/employees/102           http://r2rml.com/ns#LastName                       De Haan
http://r2rml.com/employees/102           http://r2rml.com/ns#ManagerId                      100

・・・中略・・・

http://r2rml.com/employees/205           http://r2rml.com/ns#FirstName                      Shelley
http://r2rml.com/employees/205           http://r2rml.com/ns#LastName                       Higgins
http://r2rml.com/employees/205           http://r2rml.com/ns#ManagerId                      101
http://r2rml.com/employees/205           http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#type    http://r2rml.com/ns#Employees
http://r2rml.com/employees/206           http://r2rml.com/ns#FirstName                      William
http://r2rml.com/employees/206           http://r2rml.com/ns#LastName                       Gietz
http://r2rml.com/employees/206           http://r2rml.com/ns#ManagerId                      205
http://r2rml.com/employees/206           http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#type    http://r2rml.com/ns#Employees

投稿日時 2019年12月29日 (日) 22時10分 SQL, Oracle Database 19c, RDF Graph | | | コメント (0)